Pharmakophor

Pharmakophor

Ein Pharmakophor ist eine abstrakte Umschreibung der molekularen Eigenschaften zur Strukturbedingten Erkennung einers Liganden durch ein biologisches Makromolekül.

Laut IUPAC ist ein Pharmakophor definiert als ein Ensemble von sterischen und elektronischen Eigenschaften, welche Voraussetzungen sind für eine supramolekulare Interaktion mit einem spezifischen biologischen Target und eine biologische Reaktion auslösen oder verhindern.


Eigenschaften

Die typischen Eigenschaften eines Pharmakophor sind:

  • Hydrophobes Zentrum
  • aromatische Ringe
  • Wasserstoffbrücken Akzeptoren und Donoren
  • Kationen
  • Anionen

Damit ein Ligand erkannt wird, müssen die verschiedenen Bindungsstellen zueinander passen.


Modell Entwicklung

Folgende Schritte umfasst die Wntwicklung eines Pharmakophor-Modells:

  1. Auswahl an Liganden
  2. Analyse der Konformationsänderung
  3. Molekulare Überlagerung
  4. Abstraktion
  5. Validierung

Geschichte

Lemont Kier erwähnte die Idee eines Pharmakophor-Modells zuerst 1971. [1]


Literatur & Quellen

  1. Kier LB (1971). Molecular orbital theory in drug research. Boston: Academic Press. pp. 164–169.ISBN 0-12-406550-3.
  2. IUPAC-Definition LINK
Pharmakophor
Beispiel für ein Pharmakophor Modell der Benzodiazepin-Bindungsstelle des GABA-Rezeptors. Weiße Striche symbolisieren die Kohlenstoffatome des Benzodiazepins Diazepam, grüne Striche stehen für Kohlenstoffatome des nicht Benzodiazepinds CGS-9896. Blaue und rote Striche stehen für Sauerstoff und Stickstoffatome. Rote Kugeln repräsentieren die Wasserstoffbrückenbindungsdomänen des Rezeptors. Weiße Kugeln stehen für die lipophilen Bindungsstellen
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